Il processo operativo di base di una fresatrice CNC comprende in genere l'accensione, il ritorno al punto di riferimento, l'immissione del programma, il bloccaggio del pezzo, il presetting utensile, la lavorazione e lo spegnimento. Durante il funzionamento è necessario seguire le procedure operative di sicurezza, come un abbigliamento adeguato e l'uso corretto del pulsante di arresto di emergenza.
Il pannello operativo del sistema CNC è solitamente costituito da un monitor CRT, un pannello MDI e un pannello di controllo della macchina utensile. La programmazione è un'abilità essenziale per il funzionamento di una fresatrice CNC, che prevede sia la programmazione manuale che quella automatica.
Sulle macchine utensili CNC come i centri di lavoro, la fresatura concorde è diventata il metodo di taglio standard del settore-grazie alla maggiore durata dell'utensile e alle minori vibrazioni.
La scelta dei parametri di taglio deve seguire determinati principi: la sgrossatura mira ad elevate velocità di asportazione del metallo, mentre la finitura mira ad un'elevata qualità superficiale. Parametri chiave come la velocità di taglio Vc e la velocità di avanzamento tavola F possono essere calcolati utilizzando formule.